西藏自治区上至区党委、政府，下到旅游行业各有关单位，对旅游环境保护做了大量努力，取得了一定成交，但目前仍然存在不少问题。以旅游点厕所建设为例，1996年旅游点厕所建设工作告一段落后，由于历史与客观原因，目前该建设尚不规范；多数厕所为干厕所；管理跟不上；还不能彻底改变脏乱差现象；随着旅游业的发展，游客不断增加，现有厕所远不能满足需求；由于财力有限，厕所建设完全由国家投资不太可能，如由旅游点自己投资又吃不消，所以厕所建设仍然有许多问题。1999年，西藏自治区旅游局仍然把旅游景点配套设施中修建标准厕所和休息室作为亟待解决的问题，准备在景区以及旅游主要路线沿途修建水冲式厕所。
旅游区的垃圾问题也一直没有得到很好的解决。在珠峰地区，属于尼泊尔的南坡和属于我国的北坡地带上，旅游者带来的是垃圾日积月累，数量很可观，到目前为止，由于旅游客增多，藏北名湖纳木错、藏东名湖马松错的白色垃圾正在增加；污染的水仍然是自然排放，未经任何处理。在雅鲁藏布江大峡谷，也已出现垃圾。到2000年为止，西藏仍然没有一座垃圾处理厂。
从全区来说，环境保护方面的投入资金十分短缺，不仅企业的污染治理形不成规模，旅游环境保护也受到影响。西藏自治区旅游局在给国家旅游局的一份申请报告中说：由于受自治区和拉萨市两级财政不足的制约，对拉萨市旅游景点的开发建设、景区的基础设施以及生态环境保护等投入严重不足，在开发纳木错生态旅游景区时希望国家旅游局把它列入国家旅游开发项目。
生态旅游仍然处在初期开发、推销阶段，行业内部存在不少问题，旅游行业从业人员素质离生态旅游要求较远，尤其是探险旅游和专项旅游，需要知识丰富、富有经验的导游和良好的扎营服务。在这方面，尼泊尔走在西藏自治区的前面，应当加强与尼泊尔在旅游经营方面的交流和学习。
总体上说，目前西藏生态旅游所占比例小，旅游的主要项目仍然是传统的大众型旅游，以文化观光为主导，集中于拉萨、日喀则、山南为中心的藏文化中心区。已经有的生态旅游项目大多是以“生态旅游”为牌子招徕游客。以1999年雪域生态环境游来说，相对以前来说有所突破，但开发的生态旅游产品在全部旅游项目中的比重甚小。有的生态旅游区管理混乱，如雅鲁藏布江大峡谷，尽管自治区政府明令在科学规划制定以前禁止任何形式的开发，但到2000年5月为止，已经有五批来此旅游，在排龙点还存在乱收费现象。
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