由于西藏景点多而且分散，基础设施及卫生设备较差，严重影响了景点环境卫生，而在西藏的旅游生态环境中，厕所问题也一直困扰着旅游者。为解决这一问题，1994年7月底，国家旅游局、建设部联合下发了《关于解决我国旅游点厕所实施意见的通知》，西藏自治区旅游局先后会同拉萨市环境建设保护委员会、西藏自治区城乡建设保护局等单位，在对全区旅游点厕所状态进行调查的基础上，研究确定旅游点厕所的建设计划，并行文下发对旅游点厕所建设、管理的意见，使旅游点厕所建设管理日趋规范完善；并结合开展精神文明建设，移风易俗，破除迷信，把改建、扩建和新建旅游点厕所纳入工作议程。1994年度1996年间，共投资520万元，新建旅游点厕所38座，其中地方自筹300万元，景点自筹145万无，国家补助75万元。治理厕所卫生后，最大的效果是旅游减少，游客对旅游景点环境卫生颇为满意，从而对西藏自治区开展精神文明建设到了一定的促进作用。
“一江两河”中部流域地区自1991年实施综合开发以来，遵循“以保护促开发，以开发促发展，全理规划，结合，综合利用”的林业开发方针，开展造林工程、“四旁”植树和义务植树活动，重点开展雅鲁藏布江、拉萨河、年楚河两岸防护林体系，农田林网、沙漠化整治，推广太阳能，有效地保护、改善了高原生态环境，实现了生态、社会、经济效益的统一。8年累计工程造林27.4万亩，其拉萨河防护林系4.8万亩，雅鲁藏布江山13.4万亩，日喀则段及年楚河主要河谷3.2万亩，其他约6万亩；草、植被种植面积约8万亩，人工植被覆盖提高了47.21%。
在《珠穆朗玛峰自然保护区生态旅游发展规划》中提到，由于过度放牧，无节制的砍伐森林和灌木等滥用自然资源现象，珠穆朗玛峰自然保护区内的一些国家级和世界级的珍稀物种和独特的生态系统已濒临灭绝。为了让当地群众主动保护旅游生态环境，以便于旅游者的珠峰地区观赏到野生动物群落，有必要让当地群众从旅游收入中获益，使旅游呈现良性循环。
定日县在珠峰核心区和卓奥友峰大本营建立了垃圾处理设施16处，每年组织300人（次）、20台车（次）、100头牦牛进山清除垃圾。目前，国家一级保护动物雪豹、藏野驴、岩羊时常出，与当地群众和睦相处，成为珠峰旅游观光的一道亮丽风景线。
长江上游的“天保工程”（天然林保护工程）有三个县位于西藏境内，分别是江达、贡觉和芒康。该区域总投资5.9亿元，具体包括七个项目；森林资源保护工程，管护面积1548万亩；飞机播种造林工程，飞播面积15万亩；人工造林工程，面积18万亩；封山育林工程，面积14.2万亩；一次性移民安置工程；种子种苗工程；生态保护基础设施建设工程。到2000年5月止，已正式开工两个项目：一是5月6日在芒康县红拉山开工的4种苗工程，面积1800平方米；一是5月15日启动的三县森林资源按类调查项目。昌都林业局从安微、河南两省购进2吨多树种，在金沙江流域播种，以绿化长江上游生态环境。这些措施将有力地促进长江上游的生态环境建设。
为加强羌塘野生动物保护管理工作，“羌塘国家级保护区总体规划”已经通过国家有关部门的评审。2000年5月，国务院正式将羌塘定为国家级自然保护区。而“墨脱谷国家级自然保护区”扩界更名为“雅鲁藏匿布大峡谷国家级自然保护区”的总体规划也已经通过国家有关部门的评审。
西藏自治区加强了打击偷猎野生运动方面的违法犯罪活动。有关部门专门购置了交通工具和通讯器材，在保护区内建立了临时、固定的巡逻点17个，有效地遏制了偷猎野生动物案件的发生。1999年，全区林业公安部门共受理相关各类案件262起，林政案件227起，处罚365人，逮捕9人，收缴财物折合人民币1265万多元。
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