我国的自然保护区类型多样，形成了三大系列:自然生态系统、野生生物、自然遗迹，九种类型:森林、草原与草甸、荒漠、内陆湿地和水域、海洋和海岸、野生动物、野生植物、地质遗迹、古生物遗迹。
西藏的自然保护区主要可分为五个类型:(1)生态系统自然保护区，它们属于不同自然地带典型而有代表性的生态系统地区，比如羌塘自然保护区、珠穆朗玛峰自然保护区、雅鲁藏布江自然保护区；(2)珍贵植物或特殊植被及水源涵养自然保护区，主要是针对于某些珍贵特有、濒危的植物或特殊、典型的植被类型，比如察隅慈巴沟自然保护区；(3)野生动物自然保护区，对各种珍稀动物或其它有特殊价值的野生动物进行保护，比如神鸟黑颈鹤繁殖地色林错湿地自然保护区、国家金丝猴的乐园芒康红拉山自然保护区；(4)森林公园，它的景观主体是森林植被，多为自然状和半自然状态的森林生态系统，常常拥有丰富的生物多样性，主要用于以精神、教育、文化和娱乐为目的的旅游活动，比如巴松错国家森林公园、玛旁雍错国家森林公园、色季拉国家森林公园；(5)自然历史遗迹保护区，是指那些主要由非生物资源形成的地质剖面、化石产地、火山、温泉、岩溶等自然历史遗迹地区，比如群让球壳状枕状自然保护区、札达土林自然保护区、昂仁塔格架地热间自然保护区。